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CST CUT&RUN 试剂盒:验证灵活性

试剂盒相同,灵活性更高

作为 ChIP-qPCR 和 ChIP-seq 的替代, 核酸酶靶向切割与释放 (CUT&RUN) 方法速度更快、性价比更高,研究蛋白质-DNA 相互作用时需要更少的细胞。Cell Signaling Technology® (CST®) 已通过执行额外的验证和优化改进了实验步骤,使 CUT&RUN 试剂盒甚至更出色,您如何探索蛋白质-DNA 相互作有了更多选择。

CUT&RUN

更多新优势

CUT&RUN 是一种体内方法,它在 1-2 天内提供结果、降低测序费用并且兼容于多种抗体和靶标。CUT&RUN Assay Kit现在提供以下额外优势以提高检测灵活性:

实验步骤改进 优化的实验步骤提高对低丰度和/或弱结合性转录因子和辅因子的富集
样品需要量变得更低 对于组蛋白,5000-10000 个细胞即可
对于转录因子和辅助因子,10000-20000 个细胞即可
现在兼容于固定过的细胞 对细胞轻度固定使细胞保持完好无损、保留细胞信号转导通路、增强对巨大复合物中辅助组分的富集
自信地使用固定过或新鲜的组织样品 与 ChIP 相比,使用约 1/20 的更少样品时,经验证且优化的组织实验步骤给您带来数据信心
研究原代细胞的蛋白质-DNA 相互作用 CUT&RUN 显著降低细胞数目要求,从而使该方法适于配合原代细胞使用

另外,别忘了 CST 的 CUT&RUN 检测试剂盒仍有以下益处:

快速得到结果 从细胞到 DNA 只需 1-2 天
测序深度越小 = 测序费用越低 由于检测背景本来就低,故每份样品仅需 3-5 百万个高质量读段
体内方法 使用天然染色质进行检测,从而消除交联伪影
抗体通用 兼容于兔抗体和小鼠抗体
靶标通用 针对组蛋白、组蛋白修饰、转录因子和辅因子生成测序数据和/或 qPCR 数据
定量简单 使用spike in对照 DNA 简化数据定量和标准化。

实验步骤改进,数据更佳

持续开发 CUT&RUN 实验方案配有进一步优化后的实验步骤,提升了您的数据,并验证了 CUT&RUN Assay Kit用于更广泛的样品类型。例如,我们现在建议在 4°C 消化,而非 0°C,以提高对预期的染色质片段的回收,同时背景没有显著增加。这改进了 qPCR 和 NG-seq 分析,特别是转录因子和辅因子。

图 A

4°C 对比 0°C CUT&RUN qPCR 数据 SUZ12

图 B

4°C 对比 0°C CUT&RUN qPCR 数据 SUZ12

使用 CUT&RUN Assay Kit #86652 ,以 NCCIT 细胞和 SUZ12 (D39F6) XP® Rabbit mAb #3737 进行 CUT&RUN。‚如所示在 0°C 或 4°C 消化 DNA。在图 A,使用SimpleChIP® Human HoxA1 Intron 1 Primers #7707SimpleChIP® Human HoxA2 Promoter Primers #5517SimpleChIP® Human α Satellite Repeat Primers #4486,通过实时 PCR 对富集的 DNA 定量。将每份样品中免疫沉淀的 DNA 的量表现为相对于所输入染色质总量(等于 1)的信号。在小组 B,使用 DNA Library Prep Kit for Illumina (ChIP-seq, CUT&RUN) #56795 制备 DNA 库。该图显示跨各 HoxA 基因的结合。

 

通过使用 1/5-1/20 的更少样品节省时间

与 ChIP-qPCR 和 ChIP-seq 相比,CUT&RUN 需要的细胞数显然更少,就能生成可靠数据,而 CST 已通过优化实验步骤以使用甚至更少的样品,进一步节省您的时间。

无法收集 100,000 个细胞,但仍想进行 CUT&RUN 吗?没问题,因为您仅需 5,000-20,000 个细胞就能生成同样出色的数据。

组蛋白

在研究组蛋白时,将 100,000、10,000 或 5,000 个细胞用于 CUT&RUN Assay Kit #86652 的情况下,观察到相似的结合模式。

图 A

100000、10000 和 5000 个细胞的 H3K4me3 NGS 数据

图 B

100,000、10,000 和 5,000 个细胞的 H3K27me3 NGS数据

使用 CUT&RUN Assay Kit #86652,以数目递减的细胞进行 CUT&RUN。在图 A,100,000、10,000 或 5,000 个 HCT 116 细胞和 Tri-Methyl-Histone H3 (Lys4) (C42D8) Rabbit mAb #9751。使用 DNA Library Prep Kit for Illumina (ChIP-seq, CUT&RUN) #56795 制备 DNA 文库。各图显示跨染色体 12(上图)的结合,包括 H3K4me3 的已知靶基因 GAPDH(下图)。在图 B, 用 100,000、10,000 或 5,000 个 HeLa 细胞(如所示)和 Tri-Methyl-Histone H3 (Lys27) (C36B11) Rabbit mAb #9733 进行 CUT&RUN。使用 DNA Library Prep Kit for Illumina (ChIP-seq, CUT&RUN) #56795 制备 DNA 文库。各图显示跨染色体 20(上图)的结合,包括 H3K4me3 的已知靶基因 MYT1(下图)。

转录因子

在研究转录因子时, 将 100,000、20,000 或 10,000 个细胞用于 CUT&RUN Assay Kit #86652 的情况下,观察到相似的结合模式。

图 A

100000、20000 和10000 个细胞的 Phospho-c-Jun NGS 数据

图 B

100K,20K 和 10K 细胞的 TCF4 NGS 数据

使用 CUT&RUN Assay Kit #86652,以数目递减的细胞进行 CUT&RUN。在图 A,以饥饿过夜且经过 Human β-Nerve Growth Factor (hβ-NGF) #5221 (50 ng/ml) 处理 2 小时的 100,000、20,000 或 10,000 个 PC-12 细胞和 Phospho-c-Jun (Ser73) (D47G9) XP® Rabbit mAb #3270 进行 CUT&RUN。使用 DNA Library Prep Kit for Illumina (ChIP-seq, CUT&RUN) #56795 制备 DNA 文库。该图显示跨染色体 2(上图)的结合,包括 Phospho-c-Jun 的已知靶基因 Dclk1(下图)。在小组 B,以 100,000、20,000 或 10,000 个 HCT 116 细胞和 TCF4/TCF7L2 (C48H11) Rabbit mAb #2569 进行 CUT&RUN。使用 DNA Library Prep Kit for Illumina (ChIP-seq, CUT&RUN) #56795 制备 DNA 文库。该图显示了跨染色体 8(上图)的结合,包括 TCF4 的已知靶基因 MYC(下图)。

辅因子

当研究辅因子时,将 100,000、20,000 或 10,000 个细胞用于 CUT&RUN Assay Kit #86652 的情况下,观察到相似的结合模式。

100000、20000 和10000 个细胞的 SUZ12 NGS 数据

使用 CUT&RUN Assay Kit #86652,以 100,000、20,000 或 10,000 个 NCCIT 细胞和 SUZ12 (D39F6) XP® Rabbit mAb #3737 进行 CUT&RUN。‚使用 DNA Library Prep Kit for Illumina (ChIP-seq, CUT&RUN) #56795 制备 DNA 文库。该图显示了跨 HoxD(上图)和 HoxA(下图)(SUZ12 的已知靶基因)的结合。

 

自信使用组织样品研究蛋白质-DNA 相互作用

涉及数量有限的样品类型(如组织)中分析染色质时,ChIP 实验对样本输入量的要求较高,需求较为苛刻 。CUT&RUN 对于培养细胞的节省样品的扩展优势同样适用于组织样品。取决于组织,ChIP 可能要求 25 到 50 mg ,而取决于组织类型,我们的 CUT&RUN 试剂盒现在仅需大约 1 到 2.5 mg 的量。

使用 CST CUT&RUN Assay Kit #86652 探索蛋白质-DNA 相互作用时,即便所用样品少约 20 倍,经验证的实验步骤也让您对数据充满信心。

心脏组织 - 组蛋白和转录因子

使用我们的 CUT&RUN 试剂盒,分析 H3K4me3 和转录因子 MITF 的蛋白质-DNA 相互作用仅需 1 mg 心脏组织。

1mg 心脏组织的 H3K4me3 和 MITF NGS 数据

使用 CUT&RUN Assay Kit #86652,以 1 mg 轻度固定的小鼠心脏组织(0.1% 甲醛,2 分钟)及 Tri-Methyl-Histone H3 (Lys4) (C42D8) Rabbit mAb #9751MITF (D3B4T) Rabbit mAb #97800 进行 CUT&RUN。使用 DNA Library Prep Kit for Illumina (ChIP-seq, CUT&RUN) #56795 制备 DNA 文库。该图显示H3K4me3 和 MITF 跨染色体 19(上图)的结合,包括 Ifit2 基因(下图)。

脑组织 - 组蛋白和转录因子

使用我们的 CUT&RUN 试剂盒,分析 H3K4me3 和转录因子 Brn2/POU3F2 的蛋白质-DNA 相互作用仅需 1 mg 脑组织。

1 mg 脑组织的 H3K4me3 和 Brn2 NGS 数据

使用 CUT&RUN Assay Kit #86652,以 1 mg 轻度固定的小鼠脑组织(0.1% 甲醛,2 分钟)及Tri-Methyl-Histone H3 (Lys4) (C42D8) Rabbit mAb #9751Brn2/POU3F2 (D2C1L) Rabbit mAb #12137 进行 CUT&RUN。使用 DNA Library Prep Kit for Illumina (ChIP-seq, CUT&RUN) #56795 制备 DNA 文库。该图显示 H3K4me3 和 Brn2 跨染色体 6(上图)的结合,包括 Snrpg 基因(下图)。

肝组织 – 组蛋白和转录因子

使用我们的 CUT&RUN 试剂盒 ,分析 H3K4me3 和糖皮质激素受体转录因子的蛋白质-DNA 相互作用仅需 1 mg 肝组织。

1mg 肝组织的 H3K4me3 和糖皮质激素受体 NGS 数据

使用 CUT&RUN Assay Kit #86652,以 1 mg 中度固定的小鼠肝组织(0.1% 甲醛,10 分钟)及Tri-Methyl-Histone H3 (Lys4) (C42D8) Rabbit mAb #9751Glucocorticoid Receptor (D6H2L) XP® Rabbit mAb #12041 进行 CUT&RUN。使用 DNA Library Prep Kit for Illumina (ChIP-seq, CUT&RUN) #56795 制备 DNA 文库。该图显示了 H3K4me3 和糖皮质激素受体跨染色体 8(上图)的结合,包括 Mt2 基因(下图)。

肝组织 – 辅因子

使用我们的 CUT&RUN 试剂盒, 分析辅因子 SUZ12 和 RING1B 的蛋白质-DNA 相互作用仅需 2.5 mg 肝组织。

2.5mg 肝组织的 SUZ12 和 RING1B NGS 数据

使用 CUT&RUN Assay Kit #86652,以 2.5 mg 中度固定的小鼠肝组织(0.1% 甲醛,10 分钟)及SUZ12 (D39F6) XP® Rabbit mAb #3737RING1B (D22F2) XP® Rabbit mAb #5694 进行 CUT&RUN。使用 DNA Library Prep Kit for Illumina (ChIP-seq, CUT&RUN) #56795 制备 DNA 文库。该图显示了 SUZ12 和 RING1B 跨 HoxA(上图)和 HoxD(下图)基因区域的结合。

 

在原代细胞中分析染色质

在有 CUT&RUN 技术之前,由于设法培养足够多的细胞有诸多难题,故几乎不可能在非永生化的原代细胞中用 ChIP 分析蛋白质-DNA 相互作用。

CUT&RUN Assay Kit #86652 显著降低细胞数目要求,从而使研究原代细胞的蛋白质-DNA 相互作用成为可能。切莫仅仅为了满足细胞数目要求而对您想要的样品类型做出妥协。

CD8+ T 细胞的 H3K4me3 和 CTCF 数据

使用 CUT&RUN Assay Kit #86652 对 100,000 活的 人 CD8+ T 细胞和 Tri-Methyl-Histone H3 (Lys4) (C42D8) Rabbit mAb #9751CTCF (D31H2) XP® Rabbit mAb #3418 进行 CUT&RUN 分析。使用 DNA Library Prep Kit for Illumina (ChIP-seq, CUT&RUN) #56795 制备 DNA 文库。上图显示跨染色体 8 的结合,而下图显示 MYC 基因(H3K4me3 和 CTCF 的已知靶标)周围的富集。请参阅 #3418 说明书中包含 CUT&RUN-qPCR 数据的其他结果图。

 

产品选项

CST 以组合或单独形式提供可订购的 CUT&RUN 试剂,因此您可以订购一个试剂盒以获得所有必需试剂或仅订购您需要的试剂。这些试剂都经过内部验证,以确保您会从 CST 得到期待中的高品质试剂。

货号 产品
86652 CUT&RUN Assay Kit
40366 CUT&RUN pAG-MNase and Spike-in DNA
14209 DNA Purification Buffers and Spin Columns (ChIP, CUT&RUN)
88989 SimpleChIP® Universal qPCR Master Mix
56795 DNA Library Prep Kit for Illumina (ChIP-seq, CUT&RUN) #56795
47538 Multiplex Oligos for Illumina (Dual Index Primers) (ChIP-seq, CUT&RUN)
29580 Multiplex Oligos for Illumina (Single Index Primers) (ChIP-seq, CUT&RUN)
66362 Rabbit (DA1E) mAb IgG XP® Isotype Control (CUT&RUN)
93569 Concanavalin A Magnetic Beads and Activation Buffer
16359 Digitonin Solution
27287 100X Spermidine
7012 Protease Inhibitor Cocktail (200X)
7013 RNAse A (10 mg/ml)
10012 Proteinase K (20mg/ml)
31415 CUT&RUN 10X Wash Buffer
15338 CUT&RUN Antibody Binding Buffer
48105 CUT&RUN 4X Stop Buffer
42015 CUT&RUN DNA Extraction Buffer
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