糖基化是向蛋白共价添加碳水化合物基团的过程，也是一种影响蛋白结构、稳定性和信号转导的常见翻译后修饰。糖基化对膜和分泌的蛋白（包括免疫球蛋白）尤其重要。N-连接糖基化涉及向蛋白的天冬酰胺残基添加聚糖基团，这些聚糖通常包含一个末端唾液酸基团。蛋白酶消化后，可使用固定化金属亲和色谱法 (IMAC) 富集含唾液酸的糖肽，其中带正电荷的金属离子将与带负电荷的唾液酸基团相互作用。
通常，糖基化基于质谱分析法的蛋白质组学分析要么着重于糖基化肽的识别，要么着重于聚糖本身的结构，并不能同时解决肽序列和聚糖结构。PTMScan® 糖基化分析可同时提供肽序列和聚糖结构。 这让人们能够识别和定量成百上千个糖基化肽，同时还包含聚糖基团的结构。 使用 PTMScan® 糖基化分析可分析血清或培养基样品的糖基化情况，并定量该情况的变化以发现特定处理所调控的糖基化事件。
使用 PTMScan 糖基化分析所识别的一种糖肽的 MS/MS 谱图。肽序列和聚糖结构均由同一光谱确定。显示了对应于肽主链的碎片离子（b 和 y 离子）和聚糖基团（单个糖单元的结构）。