神经元是特化 CNS 细胞，能够接收和传送电脉冲，以对电化学信号进行处理。神经元的解剖学结构有利于将信息发送给附近或远处的神经元。检测成熟神经元时，可观察 MAP2、NeuN、神经丝-H、神经丝-L 和神经丝-M 的表达。
多条证据表明，聚集蛋白或长期刺激会导致对细胞有害的慢性炎症，并引起阿尔茨海默病 (AD)、帕金森病 (PD) 和肌萎缩性脊髓侧索硬化症 (ALS) 等神经退行性疾病的发病。
为了维持正常脑功能，神经系统不仅包含神经元，还包含小胶质细胞、少突胶质细胞和星形胶质细胞等其他细胞。
使用 MAP2 (D5G1) XP® Rabbit mAb（绿色）对冷冻的大鼠小脑细胞进行共聚焦免疫荧光分析。蓝色伪彩 = DRAQ5 #4084（DNA 荧光染料）。
使用 NeuN (D4G4O) XP® 兔单克隆抗体（绿色）对小鼠海马（左图）、皮质（中间）和小脑（右图）细胞进行共聚焦免疫荧光分析。肌动蛋白丝用 DyLight 554 Phalloidin #13054（红色）标记。蓝色伪彩 = DRAQ5 #4084（DNA 荧光染料）。
对用 Neurofilament-H (RMdO 20) Mouse mAb（绿色）和 Calbindin Antibody #2136（红色）标记的小鼠小脑细胞进行共聚焦免疫荧光图像分析。蓝色伪彩 = DRAQ5（DNA 荧光染料）。
使用 Neurofilament-L (C28E10) Rabbit mAb 对石蜡包埋的小鼠脑细胞进行免疫组织化学分析。
小胶质细胞是起源于骨髓的免疫细胞，并在发育期间迁移到中枢神经系统 (CNS)。小胶质细胞有许多功能，包括在胚胎形成期间修剪复杂的神经网络，对神经递质释放作出反应来辅助突触可塑性或阻止兴奋性中毒，以及增强对急性感染或脑创伤的炎症反应。用于检测中枢神经系统 (CNS) 中的这些常驻型巨噬细胞的特异性标记物为整合素 α M (ITGAM/CD11b)、表面糖蛋白 F4/80、CD45、iba1 和 TMEM119。
在疾病状态下，可通过称为疾病相关小胶质细胞 (DAM) 的分子标签来检测不同的小胶质细胞群。DAM 成熟分为两个阶段，并且都可通过不同的生物标记物表达来检测到：阶段 1：DAM 小胶质细胞会使在骨髓细胞上表达的触发受体 2 (TREM2)、ApoE 和 Dap12 上调，并同时使 P2ry12 和跨膜蛋白 119 (TMEM119) 下调。阶段 2：DAM 使骨桥蛋白 (Spp1) 和胱抑素 7 (CST7) 上调。
在添加对照肽（左图）和抗原特异性肽（右图）的情况下，使用 ApoE (pan) (D7I9N) 兔单克隆抗体对石蜡包埋的人皮肤进行免疫组织化学分析。
少突胶质细胞是 CNS 中会产生髓磷脂的一种特化胶质细胞类型，髓磷脂能够为轴突提供保护鞘，并提高神经元间的信号传导速度。根据髓磷脂家族蛋白的表达可检测少突胶质细胞：髓磷脂少突胶质细胞糖蛋白 (MOG)、髓磷脂相关糖蛋白 (MAG) 和髓磷脂碱性蛋白 (MBP)。
少突胶质细胞祖细胞存在于脑中，可促进损伤引起的细胞再生。髓磷脂分解以及无法再生髓磷脂不足或功能失调的少突胶质细胞，与 AD、PD、ALS 和多发性硬化 (MS) 等多种神经退行性疾病的发病有关。
使用 MOG (E5K6T) XP® 兔单克隆抗体对石蜡包埋的人小脑进行免疫组织化学分析。
使用 MAG (D4G3) XP® 兔单克隆抗体（绿色）对大鼠小脑进行共聚焦免疫荧光分析。蓝色伪彩 = DRAQ5 #4084（DNA 荧光染料）。
星形胶质细胞是另一种免疫活性胶质细胞，产生于 CNS，并且在脑中被发现。星形胶质细胞的最具特异性的标记物是 GFAP 和 S100β。
在健康神经系统中，星形胶质细胞在发育、血流调节（通过支持血脑屏障内皮细胞）、突触传递和功能，以及能量和代谢（通过为神经元提供营养以及合成某些神经递质）中起到重要作用。
星形胶质细胞功能丧失或异常与多种神经退行性疾病过程有关。星形胶质细胞的慢性激活会导致形成与在 AD 和 HD 中观察到的病变相似的病变。
使用 GFAP (D1F4Q) XP® Rabbit mAb（绿色）和 Neurofilament-H (RMdO 20) Mouse mAb #2836（红色）对大鼠小脑进行共聚焦免疫荧光分析。蓝色伪彩 = DRAQ5 #4084（DNA 荧光染料）。
使用 NeuN (D4G4O) XP® 兔单克隆抗体（绿色）对小鼠海马（左图）、皮质（中间）和小脑（右图）细胞进行共聚焦免疫荧光分析。肌动蛋白丝用 DyLight 554 Phalloidin #13054（红色）标记。蓝色伪彩 = DRAQ5 #4084（DNA 荧光染料）。
使用 β3-Tubulin (D71G9) XP® 兔单克隆抗体（绿色）和 Tau (Tau46) 小鼠单克隆抗体 #4019（红色）对小鼠小脑进行共聚焦免疫荧光分析。蓝色伪彩 = DRAQ5 #4084（DNA 荧光染料）。
使用 ASC/TMS1 (D2W8U) 兔单克隆抗体 (特定小鼠) #67824（绿色）和 APP/β-淀粉样蛋白 (NAB228) 小鼠单克隆抗体 #2450（黄色）、GFAP (GA5) 小鼠单克隆抗体 (Alexa Fluor® 647 偶联物) #3657（红色）和 Hoechst 33342 #4082（蓝色）对小鼠脑进行共聚焦免疫荧光分析。
使用 Myelin Basic Protein (D8X4Q) XP® 兔单克隆抗体（绿色）和 Synaptophysin (7H12) 小鼠单克隆抗体 (IF Formulated) #9020（红色）对大鼠脑进行共聚焦免疫荧光分析。蓝色伪彩 = DRAQ5 #4084（DNA 荧光染料）。
