蛋白与 DNA 的相互作用介导许多不同的表观遗传过程。研究这些相互作用的研究人员需要一种可靠的方法，来分析它们何时在基因组中发生以及发生在何处。ChIP 被广泛用来分析特定基因和调节基因中的蛋白-DNA 相互作用。ChIP 结合定量 PCR (qPCR) 可以提供一种有效的工具，在较短周转时间内生成关于蛋白- DNA 相互作用的定量实时数据。
一次成功的 ChIP-qPCR 实验需要敏感性、特异性且每次都能提供可重复的结果的抗体。CST 严格地验证了推荐用于 ChIP-qPCR 的抗体，以确保符合生成可靠数据所需的高质量标准。
使用 SimpleChIP® 酶解染色质免疫共沉淀试剂盒（磁珠法） #9005 对 K-562 细胞的交联染色质与 p300 (D2X6N) 兔单克隆抗体 #54062 或 正常兔 IgG #2729 进行染色质免疫沉淀。使用人源 STAT3 启动子引物、SimpleChIP® 人源 HNRNPA0 启动子引物 #83602 和 SimpleChIP® 人源 MYT-1 外显子 1 引物 #4493 进行实时 PCR 来对富集的 DNA 进行定量。将每份样品中免疫沉淀的 DNA 的量表现为相对于所输入染色质总量（等于 1）的信号。与 MYT-1 外显子 1 阴性位点相比，p300 (D2X6N) 兔单克隆抗体 在 STAT3 和 HNRNPA0 阳性位点的富集度 > 8 倍（比较 STAT3 和 HNRNPA0 阳性位点与 MYT-1 外显子 1 阴性位点的蓝条高度）。
组蛋白肽阵列检测表明，Tri-Methyl-Histone H3 (Lys27) (C36B11) 兔单克隆抗体 #9733 对三甲基化组蛋白 H3 赖氨酸 27 具有特异性，并且不受邻近精氨酸 26 残基甲基化的影响。
使用 SimpleChIP® 酶解染色质免疫共沉淀试剂盒（磁珠法） #9005 对 K-562 细胞的交联染色质与 p300 (D2X6N) 兔单克隆抗体 #54062 或 正常兔 IgG #2729 进行染色质免疫沉淀。使用人源 STAT3 启动子引物、SimpleChIP® 人源 HNRNPA0 启动子引物 #83602 和 SimpleChIP® 人源 MYT-1 外显子 1 引物 #4493 进行实时 PCR 来对富集的 DNA 进行定量。将每份样品中免疫沉淀的 DNA 的量表现为相对于所输入染色质总量（等于 1）的信号。与正常兔 IgG 在相同位点产生的背景富集度相比，p300 (D2X6N) 兔单克隆抗体 在 STAT3 和 HNRNPA0 阳性位点的富集度 > 50 倍（比较各靶标位点的蓝条和红条高度）。
使用 SimpleChIP® 酶解染色质免疫共沉淀试剂盒 #9005 对用 4x10 个NCCIT 细胞制备的交联染色质滴定 Ezh2 (D2C9) XP® 兔单克隆抗体 #5246。每次免疫沉淀使用 2.5-5 µl 时，该抗体显示出最佳性能。
对经 DEM（50 μM，3 小时）处理的 MEF NRF2 野生型（左图）和 NRF2 敲除型（右图）细胞的交联染色质与 NRF2 (D1Z9C) XP® 兔单克隆抗体 #12721 或 正常兔 IgG #2729 进行染色质免疫沉淀。使用小鼠 MafG 内含子 1 引物、SimpleChIP® 小鼠 NQO1 启动子引物 #12635 和 SimpleChIP® 小鼠 RPL30 内含子 2 引物 #7015 进行实时 PCR 来对富集的 DNA 进行定量。将每份样品中免疫沉淀的 DNA 的量表现为相对于所输入染色质总量（等于 1）的信号。正如预计的一样，NRF2 (D1Z9C) XP® 兔单克隆抗体 并没有在敲除型细胞（右图）中的 MafG 和 NQ01 阳性位点出现富集。
使用 SimpleChIP® 内含子 #9005 对在无酚红培养基和 5% 活性炭剥离 FBS 中生长 3 天，随后用双氢睾酮 (DHT，10 nM) 处理 4 小时的 LNCaP 细胞的交联染色质进行染色质免疫沉淀。在本实验中，对第 3 批的雄激素受体 (D6F11) XP® 兔单克隆抗体 #5153 进行滴定，并与之前确定的第 2 批抗体的最佳稀释度 (1:100) 进行比较。使用 SimpleChIP® 人源 KLK2 内含子 1 引物 #62086、SimpleChIP® 人源 KLK3 启动子引物 #32784 和 SimpleChIP® 热源 α 卫星重复序列引物 #4486 进行实时 PCR 来对富集的 DNA 进行定量。将每份样品中免疫沉淀的 DNA 的量表现为相对于所输入染色质总量（等于 1）的信号。如图所示，第 2 批和第 3 批的这种抗体在稀释度为 1:100 时显示出最佳性能。