结合周期素 E CPD 磷酸肽的 Cdc4 的 WD40 结构域。
WD40 重复序列是一种最富集的可检测的蛋白结构域，见于各种各样的真核细胞蛋白，这些蛋白可能会在信号转导、前体 mRNA 加工、细胞骨架组装、转录激活和细胞周期调控中发挥接头蛋白/调节分子作用。含 WD40 结构域的蛋白的一个共同特征是重复序列能够形成 β 螺旋桨结构，这个结构可作为稳定或可逆地结合结合伴侣的平台。WD 重复序列的明确特征包括保守的色氨酸 (W) 和天冬氨酸 (D) 残基，以及一个长约 40 个氨基酸的重复序列。WD40 重复序列结构域螺旋桨结构是一个通用模块，可参与检测翻译后修饰。β-TRCP 和 Cdc4 的 WD40 重复序列结构域可检测含磷酸化丝氨酸和苏氨酸的肽。相比之下，WDR5 的 WD40 重复序列结构域可检测组蛋白 H3 氨基末端尾区中的去甲基化赖氨酸肽。
Cdc4 的 WD40 重复序列区域显示出八个 WD40 重复序列区域，这些区域会形成一个八叶片的 β 螺旋桨结构。多数带有所述结构的 WD40 蛋白显示出一个七叶片的 β 螺旋桨结构。WD40 结构域被发现是一个圆锥形截头体，含有一个 40 Å 直径的顶部表面、一个 50 Å 的底部表面、一个 30 Å 的总厚度、以及一个 6 Å 直径的中央核心。WD40 结构域可使用截头体顶部表面来检测 Cdc4 磷酸化降解子 (CPD) 肽。
| 含 WD40 的蛋白 | 靶蛋白 | 共有序列 |
| βTRCP/Fbw1 | β-catenin、IκB | D-pS-G-φ-X-pS |
| Cdc4/Fbw7 | Cyclin E, Sic1p, Gcn4p | L-I/L/P-pT-P |
| WDR5 | 组蛋白 H3 | R-X-Kdimethyl |