含有 Syntaxin-1A（红色）、Synaptobrevin-II（蓝色）和 SNAP-25B（绿色）的大鼠突触融合复合体。
囊泡融合特定膜靶标的机制似乎与一组称为 SNARE（可溶性 NSF 附着蛋白 [SNAP] 受体）的高度保守蛋白有关。SNARE 蛋白被认为可介导多数或可能所有细胞膜融合活动。多数 SNARE 是羧基末端锚定整合膜蛋白，能够与其他 SNARE 蛋白发生卷曲螺旋相互作用。SNARE 结构域是一个约含 60 个氨基酸的同源结构域，这个结构域对所有 SNARE 蛋白均较常见。在 SNARE 蛋白复合体的组装中，SNARE 结构域可充当一个蛋白间相互作用模块。较大松散的单体 SNARE 基序会组装成一种蛋白酶抗性核心复合体。不同 SNARE 家族成员分布在不同细胞膜中，表明它们可能在囊泡转运期间的靶向过程中发挥作用。但 SNARE 核心复合体的形成似乎十分混杂，特异性较小。
| SNARE 复合体 | 复合体中的 SNARE 结构域蛋白 |
| 大鼠突触融合 SNARE 复合体 | Syntaxin-1A (Sx), Synaptobrevin-II (Sb), SNAP-25B |
| 酵母胞吐后高尔基体 SNARE 复合体 | Snc2, Sso1, Sec9 |
| 大鼠内体 SNARE 复合体 | Syntaxin-7, Vti 1b, Syntaxin 8 |